为什么不宜禁止产前亲子鉴定？在讨论这个问题之前，首先我们要明白做产前亲子鉴定的目的，孕妇之所以申请产前亲子鉴定以确定胎儿的生父，是因为在受孕时期其曾与两个以上的男性发生性行为。由于这一现象反应了当前的“感情忠贞”危机，所以有观点认为，允许产前亲子鉴定，将会纵容感情不忠的行为。然而，该问题属于伦理道理的范畴，是否应当由法律担任道德卫士的角色，仍然值得三思。更何况，禁止产前亲子鉴定并不必然减少感情不忠事件的发生。
对产前亲子鉴定采取何种法律政策，最关键的考虑因素应当是孩子的最佳利益。事实上，尽早确定孩子的生父，对孩子来说并非一无是处。
第一，就那些未婚先孕的个案而言，产前亲子鉴定的结论促使孩子的亲生父母尽快完婚，尽早稳定当事人之间的家庭关系。如果等到当事人结婚后才发现所生育的孩子与丈夫没有血缘关系，可能会对各方当事人的生活造成更大的负面影响。
第二，就那些婚外情的个案而言，产前亲子鉴定的结论有助于尽早确定胎儿与丈夫之间是否存在亲子关系，避免发生孩子的法律上之父亲与血缘上之父亲不一致的情形。否则，有争议的亲子关系可能成为日后冲击家庭关系和亲属关系的隐患。
产前亲子鉴定备受争议的主要原因是，许多孕妇在得知胎儿的生父为丈夫或男友之外的第三人时，通常会决定将其人工流产，从而有损胎儿的生存利益。实际上，这个问题的根源不在于产前亲子鉴定，而在于我国法律不禁止孕期任何阶段的人工流产。
试想，如果法律禁止人工终止妊娠，那么即使产前亲子鉴定确定胎儿的生父不是孕妇的丈夫，胎儿仍然得以出生。而在当前的法律下，全面禁止产前亲子鉴定，可能导致更多的孕妇将生父不明确的胎儿流产，从而使更多的胎儿被剥夺生存机会。
当然，产前亲子鉴定也不应被视为一种盈利产业而对其给予鼓励。国家应该对鉴定机构的资质和行为予以有效监管，以确保接受鉴定的孕妇及胎儿的安全、并保障各方当事人的人身权利。作为一项医学检验，如果当事人双方（孕妇及胎儿的疑似生父）都表示同意，那么有权进行鉴定的机构就可以进行产前亲子鉴定。至于在多大程度保护胎儿的生存利益，则有取决于我国法律对人工终止妊娠的政策。
