单亲亲子鉴定，一般指缺少双亲中的一方而进行的鉴定。特指没有母亲样本,只有父亲和孩子参与的亲子鉴定。通常分为两种类型：第一，缺少夫妻一方样本，这样是否可行?这种情况多是因为父亲怀疑孩子是否亲生而想要通过鉴定进行确认，但又为了不影响夫妻感情，便瞒着孩子的母亲，独自带着孩子来作鉴定。 第二，担心没有母亲参与的情况下，鉴定结果是否准确?也就是说会不会将本来有亲子关系的给排除了，而把不具有亲子关系的反倒认定为具有亲子关系。如果本人没有做过骨髓移植之类的手术，或者患一些罕见的病不会造成基因突变的。
单亲亲子鉴定准确率如何？
目前，不管你是双亲还是单亲亲子鉴定以及胎儿的亲子鉴定，其正确率的亲子关系概率至少在99.99%及以上。关于这个问题，我们可以举个例子加以详细说明。
年轻的爸爸和儿子都经历了指尖采血，他们的血样被拿进了DNA鉴定实验室。一个星期后，亮出结论。大多数人来做亲子鉴定要的结果，无非是“是”或者“不是”。但是有的时候，还会有第三种结果，“不好说”，也就是“确定不了”。
这次的结论恰恰是第三种。儿子又笑了：“这不是开玩笑么？宝宝，要么是我的孩子，要不就不是我的孩子，怎么结果还会是‘不好说’呢？”
这个案子出现了“意外”，这对“父子”20个位点有1个对不上。出现这种情况时，先不需要测定CPI，而是需要加测位点。
从医学上解释，出现这种情况有两个可能性：其一，他们是亲生父子，但是遗传过程中基因发生了突变。其二，孩子的父亲是男人的近亲属，比如亲兄弟，甚至比如父亲，遗传基因有细小差别。
单亲亲子鉴定出现“确定不了”的结论时如何解决？
单亲亲子鉴定时，一般父子有一或者二个位点不符时，首先会从16个位点加到18个位点，看增加的两个位点是否符合。这时候最好能够提供母亲的样本再次验证。如果无法提供母亲的样本，还有以下几种方法可以验证：
1、父子单亲鉴定
如果样本是父亲和儿子，可以采用Y染色体STR标记进行检测，因为Y染色体是直接由父亲遗传给儿子，儿子与父亲的Y染色体STR检测结果应该一致。根据常规STR和Y染色体STR的检测结果，综合判定父子关系，RCP值也可以超过99.99%。
2、父女单亲鉴定
如果样本是父亲和女儿，那除了提供母亲的样本之外，只能是换试剂盒，不断增加检测位点，没有其他更好的办法。
3、母子、母女单亲鉴定
如果是母子或母女关系，就比较好办，可以首先还是让他们提供父亲的样本，如果不能提供父亲的样本，可以换用线粒体DNA检测。线粒体是母系遗传，母亲将自己的线粒体DNA完全遗传给孩子，因此，母亲和孩子的线粒体DNA应该完全一致。无论是母子还是母女关系都可以使用线粒体这样的标记。
