每个人的基因有成千上万，而基因突变只频率是很低的，所以不会出现明显的差异。但根据基因重组的原理及显隐性的问题，也许像母亲的会更多些。亲子鉴定是因为小孩是由受精卵发育而来，受精卵是由他的父亲和母亲各自提供精子和卵子，结合而来的。亲子鉴定是运用DNA杂交技术，当小孩DNA单链和父亲或母亲的DNA单链产生杂交带时，并且在一定的比例以上，才能说明那小孩是他们的孩子。
DNA鉴定中存在基因突变的原因
产生突变有两种情况：
一种是亲代将dna传递给孩子的过程中，产生的突变，这是实际存在的突变；这种突变，尽管父母亲都可能发生，但是形成受精卵的时候，是精子的头部完整的卵细胞结合，所以精子中的dna不如卵子稳定，与卵细胞相比，较容易发生突变。
另一种虽然称之为突变，只是在实验过程中，由于某种试剂盒酶而产生的实验系统误差，也就是说只要使用同一种试剂盒，无论谁做这样的样本，或者采用不同的样本，做出来的结果都存在这样的系统误差，这就是因为试剂盒的原因而导致的系统误差。
出现基因突变时，如何完成DNA亲子鉴定？
对于实验系统误差导致形式上的突变，可以换另外一种试剂盒或者换用另外一个公司相应的热启动酶，就可以解决了，所以专业的鉴定中心，都是准备有几套试剂盒和几种牌子的聚合酶，专门解决由实验产生的系统误差。
而对于真正的突变，尤其是单亲亲子鉴定，一般父子有一或二个位点不符时，首先会从16个位点加到18个位点，看增加的两个位点是否符合。这时候最好能够提供母亲的样本再次验证。
如果无法提供母亲的样本，还有以下几种方法可以验证：
1、如果样本是父亲和儿子，可以采用Y染色体STR标记进行检测，因为Y染色体是直接由父亲遗传给儿子，儿子与父亲的Y染色体STR检测结果应该一致。根据常规STR和Y染色体STR的检测结果，综合判定父子关系，RCP值也可以超过99.99%。上文中的附表4和附表5就是综合运用常染色体和Y染色体STR的结果，认定亲子关系的例子。
2、如果样本是父亲和女儿，那除了提供母亲的样本之外，只能是换试剂盒，不断增加检测位点，没有其他更好的办法。
3、如果是母子或母女关系，就比较好办，可以首先还是让他们提供父亲的样本，如果不能提供父亲的样本，可以换用线粒体这种标记进行验证，线粒体是母系遗传，母亲将自己的线粒体DNA完全遗传给孩子，因此，母亲和孩子的线粒体DNA应该完全一致。无论是母子还是母女关系都可以使用线粒体这样的标记。
